En février 1988, deux cours de justice de Floride inculpent Noriega pour trafic de drogue. Le président Delvalle tente de profiter de la situation pour exiger sa démission ; mais, une nouvelle fois, c'est le chef militaire qui s'impose et contraint le président à la démission. Il le remplace par un nouvel homme de confiance, Manuel Solís.

Cette décision, prise de manière autonome par des cours de justice de Floride, va néanmoins obliger le gouvernement de Washington à adopter une position plus ferme vis-à-vis de Noriega : il suspend les avoirs bancaires du gouvernement panaméen aux États-Unis, ainsi que les versements au titre des droits perçus sur le canal, et bloque de ce fait la circulation monétaire. Cette décision a des effets immédiats, le gouvernement se trouve dans l'incapacité de verser les salaires des fonctionnaires. Mais là encore, Noriega sait habilement jouer des sanctions pour diffuser un sentiment nationaliste et antiaméricain

Pour les États-Unis, les élections de mai 1989 sont la dernière opportunité pour trouver une solution négociée. Face à Carlos Duque, candidat de Manuel Noriega, l'opposition se regroupe autour de Guillermo Endara, dirigeant du Parti panaméiste authentique, poursuivi et exilé sous le régime de Torrijos. Face à la large victoire de l'opposition, Noriega suspend les élections, réprime très violemment les manifestations et installe à la présidence un nouvel homme de paille. Puis il se fait nommer chef de gouvernement le 15 décembre 1989 et fait adopter une déclaration hostile aux États-Unis. Plusieurs accrochages sérieux ont lieu entre les membres des forces de défense et les soldats américains stationnés au Panamá. Le président Bush décide alors de mener une intervention armée pour capturer Noriega.

Le 20 décembre 1989, les troupes des États-Unis interviennent au Panamá, dans l'opération Juste Cause. Quelques heures plus tôt, Guillermo Endara prêtait serment comme président, dans l'une des bases militaires américaines. Plus de trente mille soldats nord-américains sont mobilisés, lourdement équipés et soutenus par des hélicoptères et des navires. L'opération, censée conduire à la capture rapide de Manuel Noriega, se révèle plus compliquée que prévue et dure près d'une semaine. Si les forces de défense sont rapidement démantelées, les bataillons de la dignité opposent une résistance opiniâtre. Mais en l'absence de commandement, les combats tournent à la confusion et prennent l'allure de pillages et de saccages. Officiellement, l'opération fait vingt-trois morts et trois cents blessés côté américain, trois cents morts côté panaméen. Les pertes sont néanmoins plus conséquentes, trois mille civils panaméens auraient été tués. Des milliers de personnes, soupçonnées d'être proches du régime, sont arrêtées. Noriega se réfugie dans la Nonciature apostolique, puis se rend le 3 janvier 1990.

L'intervention militaire, réalisée en violation de la législation internationale, est condamnée par les Nations unies, l'O.E.A. et par de nombreux États européens et latino-américains. Elle apparaît néanmoins comme un problème marginal au regard des événements qui lui sont contemporains (rapprochement entre les États-Unis et l'Union soviétique). L'opération est justifiée par Washington comme un recours àla force légitime contre un régime oppresseur et qui viole les lois internationales. Elle annonce le « nouvel ordre mondial » prôné par l'administration Bush quelques mois plus tard.

David GARIBAY, Lucile MÉDINA-NICOLAS, Alain VIEILLARD-BARON, « PANAMÁ », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 02 avril 2021. URL : http://www.universalis-edu.com/encyclopedie/panama/